接下来秦朝朝堂关于制度选择的辩论，核心是分封制与郡县制的理念碰撞，主要集中在两个关键时间节点，
统一之初第一次庭议，丞相王绾等请行分封，理由是燕、齐、楚等旧地距咸阳遥远，中央直辖难以镇抚，建议封立皇子为王，作为宗室藩屏，当时多数朝臣附和此议。
廷尉李斯极力主张郡县制，他指出周初分封同姓子弟甚多，但后代血缘疏远，最终互相攻伐如仇敌，周天子无法禁止。李斯认为，应设郡县，以国家赋税重赏皇子功臣，既易控制，又可消除战乱根源。秦始皇采用郡县制，分天下为三十六郡。
统一八年后第二次庭议，博士淳于越主张重启分封制，“封子弟功臣为枝辅”的传统，若无宗室藩辅，一旦朝廷有臣作乱，将无枝辅相救。
丞相李斯仍然维护郡县制，强调时代变迁，三代之制不可照搬。他批评诸生“不师今而学古，以非当世，惑乱黔首”，秦始皇认可李斯，强化郡县制与思想一统。
两次论辩后，秦朝制度就定形了，就是绵延二千多年的中央集权的郡县制。
既然制度已定，秦始皇再不可能给儿子们封王了。事过两千多年，今天看来，秦帝国步子迈得太大，过早迈入郡县制时代，在囯家陷入内乱时，孤立无援，以至于秦朝在鼎盛时代就步入灭亡。如果众王子各成一国，春来天子不开口，哪个虫儿敢吱声。秦朝虽灭亡了，华夏中国早日迎来中央集权的郡县制时代，却是另一种幸运！