马英九基金会对萧旭岑、王光慈提告后，马英九基金会萧旭岑、王光慈案三人调查小组发声明痛批，基金会相关人等未经董事会讨论及决议，径以基金会名义提告，应予谴责。调查小组日后将配合司法侦办，提出调查报告协助厘清真相。
三人小组提出的质疑是，马英九以马英九基金会的名义对萧旭岑、王光慈提告，但却没有通过马英九基金会董事会进行讨论及决议。现在董事会似乎成了摆设，好像董事会的一切事务都由马英九一个人说了算，当然，马英九背后还有金溥聪。