纽约时报调查结论：爱波斯坦是自杀
爱波斯坦谋杀论在社会上广为流传，但纽约时报调查认为此说缺乏证据。
若要在MCC内杀人，凶手需同时取得通往爱波斯坦牢房的三把钥匙，掌握哪台摄影机故障、哪台仍在运作，并需多名狱方人员配合。
前联邦监狱局局长赫维兹表示：“要杀死他，需要庞大的共谋，我无法想像这么多人涉入，到现在却没有任何人说出来。”
爱波斯坦其弟马克聘请的法医巴登表示，颈部三处骨折更符合他杀特征。但纽约时报咨询的多名病理学家指出，这类骨折在自缢案中同样可能出现。
更大的问题在于现场遭到严重污染，FBI甚至误取了错误的绳套作为证物。调查人员事后在现场照片的角落发现另一条被遗弃的橙色布料，其折痕与承重痕迹与爱波斯坦颈部伤势高度吻合，但这件关键证物在有人意识到其重要性之前，已被当作垃圾丢弃。
纽约时报调查的结论是：爱波斯坦之死，是长期机构失能、人为疏失与偶然因素交汇的结果，让他得以实现早已有之的自杀意图。谋杀所需的庞大共谋，迄今毫无证据支持。然而由于现场证据残缺、关键人员拒绝配合，部分疑问恐怕永远无从解答。
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