1949年12月10日，蒋介石离开成都飞往台湾，在最后逃离的时候，他并没有通知孙科去台湾。这个举动，实际上就是拒绝孙科逃台，可以说是恩怨几十年之后，蒋介石对孙科的一个最终态度。
要弄清楚这段关系的脉络，得回到1931年12月。

那年，蒋介石因"汤山事件"将国民党元老胡汉民软禁于南京汤山，广州方面的粤系势力随即强烈反弹，宁粤两地闹起了分裂，孙科也卷了进去，成了广州那边的核心招牌。

九一八事变爆发后，宁粤双方迫于舆论压力走向和解，蒋介石随即宣布下野，顺势把孙科推上了行政院长的位子。孙科当时心里大概是有些飘的——父亲孙中山留下的名头，再加上这个位置，总算可以真正做点事了吧。

但等孙科坐进行政院，才发现全是套路。财政部长宋子文和蒋介石几乎同一时间辞职，走之前把国库里能动的钱全部带走，连预支的税收都卷走了。

孙科接手的，是一个每月军政开支缺口超过千万的空架子，国库只剩几万银元。各路将领天天登门要军饷，甚至有军官带兵直接堵在行政院门口讨账。孙科跑遍上海，想向江浙财阀借钱周转，对方一个个闭门不见——蒋介石早就把话递过去了。

走投无路，孙科只好接连发电报，苦求在奉化老家的蒋介石和在上海"养病"的汪精卫回南京主事。两个人装聋作哑，就这么晾着他。就这样熬了不到一个月，孙科于1932年1月25日通电辞职，这个行政院长的位子前后只坐了二十八天，成了国民政府史上最短命的内阁之一。

落了台，孙科退回立法院长的职位，一干又是十六年。也正是在这段时间里，他做成了政治生涯里少数几件说得上口的事。1932年底，国民党四届三中全会决议制宪，孙科出任宪法起草委员会委员长，延请法学家吴经熊博士主笔，1933年便拿出了初稿。

然而蒋介石对草案中的权力配置极为不满，多次介入干预，力主扩大总统权限。孙科搬出父亲孙中山的五权宪法理念来周旋，双方反复拉锯，七易其稿。

直到1936年5月5日才正式颁布，史称"五五宪草"。这部草案后来成了1946年《中华民国宪法》的重要参考底本，是孙科政治生涯中为数不多的、经得住审视的正向遗产。

司马迁在《史记·货殖列传》里写过一句话："天下熙熙，皆为利来；天下攘攘，皆为利往。"孙科与蒋介石这几十年，从来没有超出过这个范畴，不过是各怀所求，彼此凑合而已。

1948年底，原行政院长翁文灏因金圆券改革失败引咎辞职，蒋介石再次把孙科拉了出来，出任行政院长。理由很直白：代总统李宗仁当时正积极推动与中共的和谈，蒋介石要拿孙科来牵制。

孙科和李宗仁早在同年4月的副总统选举中便结下了梁子，当初李宗仁靠桂系真金白银和一批私生活旧账把孙科打得颜面尽失。如今两人要在同一屋檐下共事，表面维持着体面，心里各自的账记得清清楚楚。

1949年2月，孙科未经代总统李宗仁同意，以南京军事形势告急为由，单方面宣布将行政院及各部会南迁广州。李宗仁得知消息，公开斥责孙科蓄意破坏和谈。国民政府就此出现了一个荒诞格局：代总统在南京，行政院长在广州，两套班子各行其是，史称"府院之争"。

到了广州，孙科的处境并不好过。蒋介石虽然支持南迁，却拒绝把黄金和外汇拨付过来；广东地方的军政长官薛岳等人根本不把这位空头院长放在眼里，行政院日常运转的经费都凑不出来。

就这样撑了不到一个月，孙科在李宗仁的持续施压下，于1949年3月8日辞去行政院长，由何应钦接任。

辞职后，孙科携家眷去了香港。脚跟未稳，严蔼娟便带着十三岁的私生女孙穗芳找上了门。两边一见面便扭打起来，孙科的原配与私生女在客厅里扯头发、摔花瓶，年仅十三岁的孙穗芳。

对着孙科的正房一家人，举起古董花瓶来自卫。这一幕，和孙科昔日在南京行政院大院里的光景，已是天壤之别。

1950年，孙科离港赴法，落脚巴黎；1952年再转赴美国，定居在加利福尼亚州的拉古纳海滩。国内的政治供养早已断绝，妻子陈淑英不得不变卖首饰贴补家用，孙科自己在后院种菜、劈柴。

这个曾经顶着"国父哲嗣"光环的人，在太平洋边上就这样过了十多年。至于这段流亡岁月最终如何收场，那又是另一个值得细说的故事了。