李在明可能是韩国历史上最厉害的总统之一，因为他亲手终结了韩总统的“心腹大患”——韩国检察厅。熟悉韩国历史的人都知道，韩国历届总统，基本都是被韩国检察厅拿下的。
韩国检察厅自1948年设立，权力框架源自日本殖民时期制度，建国后继续沿用并扩大。它同时掌握侦查和起诉权，检察官办案自主性强，上级难以干预具体决定，警察需配合行动。这种设置让它在司法体系中占据主导，法院无罪判决后仍可抗诉。
多位前总统卸任后卷入检察厅调查。2009年卢武铉卸任，其家人受贿案被检察厅多次传唤搜查，他最终选择结束生命。当时办案检察官包括后来升任检察总长的尹锡悦。朴槿惠任期内，检察厅调查其干政事件，追查企业资金流向细节，导致她被捕判刑。
李明博卸任后也因类似企业资金案被检察厅查办入狱。文在寅政府尝试设立高官犯罪调查机构分散权力，但时任检察总长尹锡悦率系统反对，还调查内阁成员曹国，促使其辞职，改革未能推进。
李在明从政期间同样成为检察厅调查对象。担任城南市长和京畿道知事时，以及总统竞选前后，检察厅对他提出地产项目、公款使用等多项指控，案件持续数年，让他多次应对法律程序。
2025年6月就职后，李在明政府将检察制度改革作为重点。9月7日，总统室、共同民主党和政府联合公布政府组织改组方案，决定废除运作78年的检察厅，设立公诉厅专责起诉隶属法务部，重大犯罪调查厅专责侦查隶属行政安全部，切断侦查起诉一体化模式。
方案公布引发检察系统集体抗议，多名检察官提交辞呈。部分学者质疑合宪性，在野党国民力量党议员集体退出国会拒绝表决。尽管阻力存在，9月26日国会仍以174票赞成、1票反对、5票弃权通过《政府组织法》修正案。民调显示超过七成民众支持改革，他们对检察厅以往运作积累不满。
改革设定一年过渡期，预计2026年9月全面实施。检察官此后无法独立完成立案到起诉全流程，司法权力分配发生调整。
检察厅改组后，韩国刑事案件结案效率在后续时期有所提升，以往起诉权侦查权集中带来的部分问题得到缓解。这一变化为总统任期结束后的司法环境带来新格局。
李在明继续担任总统，领导国家政策推进。他通过这一行动完成了多届政府未能实现的目标，在韩国政治司法史上留下记录。作为亲手推动制度重组的领导人，其举措被各方讨论。
目前李在明仍在总统任期内处理政务。这一改革让他在韩国现代政治中占据独特位置。