美伊冲突对波斯湾地区环境影响巨大。石油泄漏是一大威胁，波斯湾作为全球能源运输核心通道，冲突中油轮袭击频发。像2026年3月5日，一艘美国大型油轮在霍尔木兹海峡被导弹击中，原油喷涌自燃。历史上，1983年和1993年的漏油事故分别导致38只和35只儒艮死亡。石油污染会危害鱼类鱼卵，破坏海草床。
海水淡化设施也深受其害，海湾国家大多依赖海水淡化获取淡水，如科威特约90%、阿曼86%、沙特70%。冲突中多国淡化厂受影响，伊朗格什姆岛海水淡化厂遭袭致30个村庄断水。而且淡化厂受损后，高浓度盐水直排海洋会破坏海底栖息地和珊瑚礁。