蒋方舟最大的问题不是论文，而是曾经的问题言论，包括侮辱军人，媚日等。
 
2011年8月31日，蒋方舟在自己公开微博发了一段小故事，内容讲部队排长故意安排士兵去接探亲嫂子，还默许士兵和嫂子私下纠缠，排长的理由是士兵心里有亏欠，上战场就会替自己挡子弹。
 
这条内容一发布，立马引来大批网友批评，当过兵的群众更是无法接受，觉得这段话刻意抹黑人民解放军，歪曲军人队伍的整体形象。
 
当时不少主流媒体都专门点评过这条微博，指出军人保家卫国付出巨大牺牲，不容用这种低俗虚构段子随意调侃诋毁。
 
面对全网指责，蒋方舟没有道歉认错，反倒解释说自己只是想写文学素材，不在乎内容会不会让大众反感，这番说辞更是把网友的怒火推到顶峰，这件事也成了她身上抹不掉的黑点。
 
这件事过去一年多，2012年9月14日，她又发了一条和钓鱼岛相关的微博，说自己前一天见到日本女作家，对方主动说钓鱼岛归属中国。
 
文字表述模糊不清，让人看不出她明确的主权立场，没过多久她悄悄删掉这条内容，没有给出完整解释，不少人觉得她在领土大事上态度含糊，没有守住该有的民族底线。
 
时间到2015年底，她收到日本外务省下属国际交流基金会的邀请，前往东京旅居交流，交流期间每月能拿到2万元人民币的生活研究补助，整体交流周期三个月，之后她自费留在东京又住了大半年。
 
2017年，她把在日本生活的经历整理成书《东京一年》正式出版，这本书当年销量达到15万册。
 
看过这本书的读者都发现，全书通篇都在细致夸赞日本的生活、城市环境，通篇文字几乎完全回避日本侵华的历史罪行，书里序言还写着东京拯救了自己，把国内生活形容成压抑扭曲的环境，字里行间透着对日本社会的过度美化，对比之下刻意弱化本国生活，不少读者看完直呼难以认同。
 
2021年6月，日本外务省官网公开往年工作报告，文件里明确记录蒋方舟当年受邀交流，还评价她回国出书，有效加深国内民众对日本的好感，这份公开文件直接引爆舆论，网友纷纷质疑她拿着日方资助，变相帮日本做宣传，也就是大家常说的媚日争议。
 
事发之后蒋方舟出面回应，称只是正常文化交流，书籍内容只是记录个人生活，不存在刻意美化宣传，外交部当时也表态，国际间人员互访交流属于普遍现象，但大众心里的疙瘩始终没有解开，早年模糊领土、出书美化日本、诋毁军人的几件旧事被一并翻出来。
 
之后几年，这些历史言论一直被网友反复提起，直到2026年7月，清华肖鹰教授实名举报她2019年人大硕士论文存在多处注释错误，这件事冲上热搜，所有人的注意力全转移到论文对错上，反倒忘了她之前触碰底线的过往发言。
 
7月5日晚间，中国人民大学发布官方调查通报，经过多名专家逐条核对，认定蒋方舟论文只是注释标注不规范，不存在教育部划定的抄袭、伪造文献等学术不端行为，只约谈整改了她的导师和学院管理人员，没有对蒋方舟本人作出处分。
 
论文这件事尘埃落定之后，很多中老年网友重新梳理整件事，大家普遍觉得论文只是学术规范层面的小问题，就算注释写错，也只是学习上的疏漏，可早年侮辱军人、领土问题立场模糊、拿日方资助出书美化日本，都是大是大非层面的立场问题，远比论文疏漏严重得多。
 
不少当过兵、经历过战乱年代的老人更是感慨，解放军战士抛头颅洒热血守护国家，容不得随便编排诋毁，领土主权更是半点不能退让，一个公众作家在这两件事上说出不妥言论，不管过多少年，都很难让大家释怀。
 
现在网上分成两种声音，一部分人只纠结论文调查结果，觉得没必要揪着十几年前的旧话不放，另一部分人坚持立场问题不能妥协，早年言论已经暴露她的认知偏差，论文争议只是顺带爆发的小事，两种观点争执不下，讨论热度一直居高不下。
 
官方信源：新华网中国人民大学论文调查通报