日前，国民党内部，马英九基金会内斗风波大升级，原本调查萧旭岑的三人调查小组薛香川、尹启铭和李德维，突然枪口对准马英九基金会，质疑基金会13日召开临时董事会（因董事出席未达法定人数，无法成会）并对外发布声明的相关程序不符规定，“鱼目混珠”、“混淆视听”，有干扰调查之嫌。

三人调查小组发声后，萧旭岑在节目中，进一步透露，“求见马英九遭到拒绝，如果调查结果认为我确实违法，要移送司法，绝没有第二句话；如果调查结果不是这样，希望马英九基金会还我清白，也希望马英九还我清白。”

对于这件事，邱毅一语惊人，表示，马英九说有台商捐款但基金会未入账、有人严重违反财政纪律，其实就是暗指萧旭岑污了这笔钱，要把萧法办。萧则驳斥是马英九“忘了很多事”，会尊重基金会专案小组调查，说出“实情”。把马萧两人的话合在一起，推敲起来，真相大概是有台商捐款给基金会，刚好马英九有需要，所以指示萧旭岑救急用了，但事后马英九忘记，再加上有人为了夺权刻意挑拨，才导致马误会萧旭岑侵吞。

随后邱毅推测，赖清德要透过萧旭岑事件来对付郑丽文，可能“金色鬼魅小刀”根本是赖的斗争工具，所以必须斗倒萧，萧旭岑可能成为第二个蔡正元。

这是邱毅的猜测，需要等待三人调查小组的最后结果。

不过，不管事件如何进展，最大影响就是两岸民间交流，马英九基金会成立的目的是要架设一个公共政策平台，把台湾带往正确方向，重点活动是推动两岸和平交流。因为受近期事件影响，原先规划的今年举办10团“大九学堂”赴大陆参访行程已全部喊卡，可能以后也难再有了。可以说，两岸民间交流遭到重大损失！