清朝建立后，沿用明朝旧制，在地方设置总督。但与明朝的总督不同，清朝的总督不是临时设立的，而是常设官职。明朝总督只管军事，而清朝的总督则是军政一把抓。清朝初年，因为局势不稳，总督辖区时有调整，至乾隆时才最终定型，形成了八大总督。
八大总督分别为直隶总督（辖直隶一省）、两江总督（辖江西、江苏、安徽三省）、闽浙总督（辖福建、浙江两省）、湖广总督（辖湖南、湖北两省）、陕甘总督（辖陕西、甘肃两省）、四川总督（辖四川一省）、两广总督（辖广东、广西两省）、云贵总督（辖云南、贵州两省）。
清朝八总督
在清初的调整中，四川的情况较为复杂，一会归属川陕总督，一会归属川湖总督，一会又自成四川总督，三个身份变来变去，往复多次。顺治二年（1645年），为了统筹西南战事，顺治帝设立湖广四川总督。明朝至清初的湖广省包括湖南与湖北，到康熙年间才将其一分为二。当时湖南地区为南明控制，四川则由张献忠的大西政权占据，湖广四川总督实际辖区仅限于湖北。第二年清军攻入四川，其后又逐步消灭湖广四川地区的抗清势力，湖广四川总督才实至名归。
抗清势力虽退出湖广四川地区，但在云贵地区仍保有强大力量，与南明永历政权合流，伺机反攻。顺治九年（1652年），大西军旧部李定国率军在广西击破清朝定南王孔有德，迫其自焚而死。接着进军湖南，在衡阳斩杀敬谨亲王尼堪。大西军的另一部由刘文秀率领，进军四川，连克叙州、泸州、重庆，随后挥师占领了四川首府成都。清军吴三桂所部及四川巡抚、布政使司等衙门被迫撤退到川北重镇保宁府（今阆中）。两军共收复16郡、2州，辟地近3000里，军势大振。
清初西南地区战事
清军在湖广、四川同时溃败，湖广四川总督无力顾及。于是顺治十年（1653年），单设湖广总督负责两湖战事，四川则由陕西总督兼管，称川陕总督。四川以其闭塞的地形和丰富的物产，在此前的历次乱世中，都是难民的避风港。但明末张献忠入川后，屠杀无数。之后四川又被各方势力反复争夺，战乱不止。四川本地无法提供兵马钱粮，全赖陕西调拨，于是由陕西总督兼管四川。
清初行政区划大体沿用明朝，当时的陕西还包含今天的甘肃、宁夏，是一个大省，兼辖四川后，几乎囊括了西土半壁。陕西总督驻固原，后迁往西安，两地与四川均相隔遥远，遥控不便。因此战事结束后，顺治十八年（1661年）停陕督兼川，设立四川总督，是为四川首次自成一体。
川陕总督辖区
清军在西南地区的战事推进，吴三桂功不可没，被清廷封为平西王，镇守云南。加上另外两位功劳卓著的汉族藩王尚可喜（平南王，镇守广东）、耿仲明（靖南王，镇守福建），合称三藩。清朝的满族统治者对汉人一向防范，对三藩势力尤其不放心。
康熙七年（1668年），湖广与四川又聚到了一起，改名川湖总督，驻于荆州。其用意为统筹长江防线，防备蠢蠢欲动的三藩。然而三藩叛乱后，一打起来，川湖总督一个人就顾不过来了。于是康熙再次拆分，四川总督驻重庆，湖广总督还驻武昌，各司其职。川、湖就此分家，再无聚合。
川湖总督辖区
由于三藩之乱没有给清朝造成太大的破坏，就给人一种错觉，好像叛乱很快就结束了。实际上，三藩藩之乱与终结大唐盛世的安史之乱时长一样，足足打了八年。四川、湖南、广西、贵州都被吴三桂拿下了。
四川总督丢了地盘，只得像当年的吴三桂一样，撤退到川北保宁府，兵马钱粮都要靠陕西补给，四川再次失去了独立性。康熙十九年（1680年），清朝复置川陕总督。平定三藩之乱后，四川更加残破，仍需要陕西接济。而且四川单独设立总督，就多一份财政支出，也不合算。川陕总督就这样又维持了几十年。
三藩之乱波及范围
康熙五十六年（1717年），准噶尔部首领策妄阿拉布坦攻进占西藏，清军自四川入藏平叛。四川军务繁忙，然而川陕总督驻西安，处理前线军务十分不便。而四川巡抚年羹尧又无权过问军务。于是年羹尧奏请四川另设总督，便于统筹。康熙批准，以年羹尧为四川总督。康熙六十年（1721年），准噶尔军被驱离西藏，康熙帝因年羹尧平乱有功，升其为川陕总督，统管西陲防务。
准噶尔是个难缠的对手，康熙皇帝与其较量多年都无法彻底取胜。雍正即位后，双方继续缠斗。雍正五年（1727年），策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策零继位。雍正皇帝认为噶尔丹策零地位不稳固，是征讨准噶尔的好机会。雍正七年（1729年），清朝大军兵分两路西征，北路军由傅尔丹率领，屯于阿尔泰，西路军由岳钟琪率领，屯于巴里坤。岳钟琪时任川陕总督，此番出征自然无暇顾及四川事务，而四川在此次西征中又无多大作用，于是又设四川总督。
清朝与准噶尔的战争
清军此次西征打得十分艰难，北路军在和通泊遭遇惨败，岳钟琪也因救援不力被追责下狱，险些丧命。雍正十二年（1734年），噶尔丹策零向清廷请和罢兵。清朝也无力再战，双方开始谈判。乾隆元年（1736年），议和达成。同年，乾隆皇帝为节省财政支出，再次恢复川陕总督。然而到了乾隆十三年（1748年），因四川大小金川之乱久不能平定，乾隆皇帝只得恢复四川总督，同时裁撤四川巡抚，由总督掌全省事务。此后四川总督镇抚西南，陕甘总督经略西北，川陕彻底分家。
从清初对四川的历次调整中，不难看出，经济实力是一个重要因素。战乱过后，残破的四川无力独挡一面，仰赖陕西接济，只能寄人篱下。另一方面，朝廷出于便于统筹、节省财政的目的，也愿意将四川与邻进的陕西、湖广合并统管。然而，一旦四川成为战争前线，战局瞬息万变，邻省遥控失灵，朝廷又不得不设立四川总督临机决断。多种因素相互拉扯，造成了四川的行政归属变来变去。后来随着经济实力的恢复，四川也找到了自己镇抚西南的清晰定位，让朝廷认识到了四川的重要性，最终成为一个独立的总督辖区。