自嘉靖二十年（1541年）起，俺答汗多次遣使向明朝请求通贡互市，但均被拒绝。嘉靖二十一年（1542年），明廷甚至杀害了俺答汗的使者石天爵，进一步激化了矛盾。此后，俺答汗多次率军侵扰边境，最终酿成大祸。 嘉靖二十九年（1550年），蒙古土默特部首领俺答汗率军兵临北京城下，史称“庚戌之变”。六月，俺答汗率军攻打大同。总兵官张达与副总兵林椿战死。宣大总兵仇鸾，因贿赂严嵩之子严世蕃而任职，面对强敌，竟以重金贿赂俺答汗，使其移兵他处。 俺答汗接受贿赂后，于八月十四日从古北口突入，攻占黄榆沟，京师戒严。十八日，大同、保定等七镇援军抵达，但士气低落，军纪涣散，甚至纵兵劫掠百姓。 八月下旬，俺答汗军队一路焚掠，前锋逼近安定门，二十一日毁坏德胜门、安定门北侧民居。面对威胁，兵部尚书丁汝夔与严嵩商议后，决定坚壁清野，任其掳掠。 八月二十二日，俺答汗放回被俘宦官杨增，并致信明廷，要求“予我币，通我贡，即解围”。明廷采纳礼部尚书徐阶建议，要求俺答汗先行退兵，再行通贡事宜。 九月初一，明廷允诺通贡后，俺答汗于九月初撤兵出关。此役，蒙古军队在京畿地区焚掠八日，据各州县奏报，共残掠人畜约二百万。 京师之围解除后，嘉靖帝为维护皇权威严，将失败归咎于边臣，开启了残酷的清算。 丁汝夔作为兵部尚书，负有统筹京师防务责任，却在此次事件中“未发一矢”、怯战畏敌，被嘉靖帝定为替罪羊，于嘉靖三十年（1551年）正月被斩首弃市。 都察院左都御史杨守谦，因在俺答汗前锋逼至安定门时不敢迎战，于嘉靖二十九年（1550年）八月二十一日被逮捕下诏狱。 此外，宣大总兵仇鸾虽在战后被加封为平虏大将军，但因与严嵩争宠失败，于嘉靖三十一年（1552年）八月被揭发其罪行，惊惧而死，死后被戮尸传首九边。 庚戌之变的结局，是嘉靖后期“严绳边吏”政策的极端体现。皇帝为维护个人权威，不惜牺牲前线将领的生命，导致边将人人自危，作战积极性严重受挫，行政氛围日趋保守与僵化。 庚戌之变后，明廷加强防御，改十二团营为三大营，修建北京外城，设立蓟辽总督。次年（1551年）在大同开马市，但因俺答汗部众屡次劫掠，最终被嘉靖帝下令罢停。此后二十多年，俺答汗连年南下劫掠，直至隆庆四年（1570年）达成封贡协议，才结束长期冲突。 "君权之威，如雷霆震怒，边臣之命，如草芥微尘。" ——史家评嘉靖朝政治生态
